Además, el Hospital Gregorio Marañón es uno de los pocos hospitales europeos que en los últimos años supera una media de 8 trasplantes cardíacos pediátricos anuales, hecho que avala su designación como Centro de Referencia Nacional para Trasplante Cardíaco Infantil.
Junto al trasplante cardíaco de adultos y pediátrico, el Hospital Gregorio Marañón está acreditado para la realización de trasplante renal adulto y pediátrico, tanto de donante vivo como fallecido, y trasplante hepático. En 2016, en el Marañón se realizaron 120 trasplantes de órganos, lo que posiciona al hospital como uno de los más activos de Madrid y de toda España.
En cuanto a hígado, se han realizado 49 trasplantes en 2016, igualando la mayor cifra de trasplantes hepáticos en la Comunidad de Madrid. Además, también en el Marañón se han llevado a cabo 49 trasplantes renales de adulto más dos trasplantes pediátricos, cuarta mejor cifra de trasplantes renales realizada en la trayectoria del Gregorio Marañón.
Asimismo, en 2016 se han contabilizado 31 donaciones de órganos, cifra que supone el máximo histórico del Hospital Gregorio Marañón, gracias a 23 donantes en muerte encefálica y ocho donantes en asistolia.